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1980年2月15日，卫生部批准成立医学实验动物中心（以下简称“动物中心”）。5月，药物研究所、基础医学研究所、劳动卫生研究所的动物房设备及人员合并归动物中心管理。

1986年5月5日，经医科院批准，“医学实验动物中心”改名为“中

国医学科学院医学实验动物研究所”（以下简称“研究所”），并成立“中国协和医科大学实验动物学部”。

1987年3月，经国家科委批准成立中国实验动物学会（CALAS），挂靠研究所。

1997年12月，经国家科委批准，建立国家实验动物环境、病理检测中心。

1998年3月，经北京市动物管理委员会批准，研究所成为北京市实验动物质量检测机构之一。

2003年，通过了国家检测实验室合格评定和资质认定（CNAS和CMA）“二合一”评审 。

2007年1月，经医科院批准成立中国协和医科大学比较医学中心  。